در سال 1370، تأسیس «دفتر امور زنان» زیر نظر شورای عالی انقلاب فرهنگی به تصویب رسید. در همان سال، نخستین حکم سرپرست دفتر امور زنان به مرحومه شهلا حبیبی اعطا شد و ایشان به عنوان اولین مسئول این دفتر آغاز به کار کرد. این دفتر فعالیت‌های خود را با هدف ارتقای وضعیت زنان، شکوفایی استعدادها و تحقق توانمندی‌های آنان در مسیر توسعه جامعه اسلامی سامان داد.

در سال 1377، «امور زنان» نهاد ریاست جمهوری به مرکز امور مشارکت زنان تغییر نام داد و مرحومه دکتر زهرا شجاعی به عنوان مشاور رئیس‌جمهور در امور زنان و رئیس این مرکز منصوب شد.

با آغاز دولت نهم، این مرکز با رویکردی مبتنی بر تقویت تفکرات اعتقادی و نقش محوری زن در خانواده، به مرکز امور زنان و خانواده تغییر نام داد. در شهریور 1384، دکتر پروین سلطانخواه به سمت مشاور رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده منصوب شد. پس از شش ماه، در اسفند همان سال، دکتر زهره طبیب‌زاده نوری این مسئولیت را برعهده گرفت و تا آبان 1388 در این جایگاه فعالیت کرد. پس از آن، برای مدتی زهرا سجادی به عنوان سرپرست این مرکز منصوب شد.

در ادامه، در دولت دهم، مریم مجتهدزاده به عنوان مشاور رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده منصوب شد و از آبان 1388 تا سال 1392 این مسئولیت را برعهده داشت. در سال 1392، «مرکز امور زنان و خانواده» به معاونت امور زنان و خانواده ریاست جمهوری ارتقاء یافت و حکم خانم مجتهدزاده به معاون رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده تغییر یافت.

در دولت یازدهم، از مهر 1392 تا مرداد 1396، شهیندخت مولاوردی به عنوان معاون رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده منصوب شد. در دولت دوازدهم نیز، از مرداد 1396، دکتر معصومه ابتکار این مسئولیت را برعهده گرفت.

با آغاز به کار دولت سیزدهم، در شهریور 1400، آیت‌الله دکتر سید ابراهیم رئیسی طی حکمی، دکتر انسیه خزعلی را به سمت معاون رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده منصوب کرد.

با آغاز دولت چهاردهم، در مردادماه 1403، دکتر مسعود پزشکیان، رئیس‌جمهور وقت، طی حکمی،دکتر زهرا بهروزآذر را به عنوان معاون رئیس‌جمهور در امور زنان و خانواده منصوب کرد.